Die Gemeinde Münchenstein erstreckt sich über rund vier Kilometer entlang der Birs. Die grösste West-Ost-Ausdehnung beträgt rund viereinhalb Kilometer vom Bruderholz quer durch das Birstal und über steile Abhänge aufwärts bis in die Waldgebiete der Eselhallen – Winterhallen – Hinteri Ebni. Die Gemeinde liegt am südlichen Ausläufer des Oberrheinischen Tiefgrabens, einem Gebiet, das sich zwischen den Vogesen und dem Schwarzwald bis in die Region Basel erstreckt. Für diese Region typisch sind ein vergleichsweise warmes Klima und geringe Niederschläge – in Münchenstein fallen pro Jahr rund 800 mm.
Auch in Münchenstein hat die Entwicklung der Lebewesen ihre Spuren hinterlassen. Der Arlesheimer Naturforscher Franz Leuthardt entdeckte Anfang 20. Jahrhundert an der Birs bei Neue Welt insgesamt 22 versteinerte Pflanzenarten: Baumfarne und Riesen-Schachtelhalme bildeten dort vor über 200 Millionen Jahren einen Sumpfwald. Leuthardts Beschreibung dieser urzeitlichen tropischen Pflanzenwelt, der sogenannten Keuperflora, fand weit über die Schweiz hinaus Anerkennung. Die Seelilienart Pentacrinus leuthardti und der Seestern Holectypus leuthardti wurden gar nach ihm benannt. Der Baugruben-Aushub des Kultur- und Sportzentrums (KUSPO) brachte einen prächtigen Mammuth-Stosszahn zu Tage. Diese und andere Funde lagern heute in den Sammlungen von Archäologie und Museum Baselland in Liestal.
Die Spuren der Besiedlung von Münchenstein reichen bis in die Steinzeit zurück. Um 1270 wurde das Schloss in Münchenstein errichtet und der heutige Dorfname erstmals erwähnt. Bis ins frühe 19. Jahrhundert beschränkte sich die Besiedlung auf den heutigen alten Dorfkern. Erst Ende 19./Anfang 20. Jahrhundert begann sich Münchenstein zur Birs hin und über die Birs hinaus auszudehnen. Die Grünflächen in Münchenstein verteilen sich heute auf etwa 30% Wald, rund 17% Äcker, Wiesen und Weiden und über 50% Hofraum, Gärten und Anlagen.